蛙卵的主要敵害是魚類、雜蛙類和水生無脊椎動物。其中劍水蚤個體小,難發現,危害大。它在水中主要咬食蛙卵及剛孵化出的小蝌蚪,但蝌蚪生長1周后又反過來食劍水蚤,水蚤又是蝌蚪的優質餌料。因此,要嚴格控制產卵池和孵化池中的劍水蚤。
牛蛙進入蝌蚪期的敵害也較多,主要有各種魚、龜、鳥類螞蟥和水生昆蟲。其中以水生昆蟲發生量大,常常隨灌水或投放水草、天然餌料等進入養殖池,對蝌蚪的為害極大。最常見的有龍虱、水龜蟲、負子蝽、劃蝽、蜻蜓等。龍虱俗稱水蜈蚣,成、幼蟲均捕食蝌蚪,食量大,1頭幼蟲一晝夜可傷害20-30尾蝌蚪;水龜蟲俗稱牙蟲,它們與劃蝽均屬于半翅目昆蟲,多以若蟲、成蟲的刺吸式口器刺入蝌蚪體內,吸吮牛蛙蝌蚪體液;蜻蜓的幼蟲又稱水蠆,常從腹部咬死蝌蚪。
在野外放養時,天然敵害較多,幼蛙和成蛙的主要敵害是多種脊椎動物。常見的有烏魚等肉食性魚類、蛇類、龜鱉類、鼠類、水獺、黃鼠狼以及野鴨等飛禽。一些大型的蛙類也可捕食牛蛙的幼蛙。在庭院建池養殖時,則以蛇類、鼠類對蛙的危害最大。